La flore intestinale, également appelée microbiote, est constituée de centaines de milliards de microbes dans le tube digestif. Grâce aux analyses phylogénétiques, on a pu découvrir  la contribution du microbiote sur le développement des cancers, en particulier le cancer du côlon et du sein. Il a également été démontré que la composition du microbiote influençait la réponse à certains traitements anticancéreux via des mécanismes immunitaires.

L’objectif de cette étude est d’analyser la composition des microbiotes intestinal et salivaire pour mieux comprendre leurs rôles dans la réponse (efficacité, toxicité) aux traitements anticancéreux, en particulier, d’évaluer leur impact sur les réponses immunitaires anticancéreuses.

Afin d’y parvenir, le microbiote sera caractérisé à l’aide de techniques de séquençage (métagénomique), en partenariat avec l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) et les réponses immunitaires analysées sur des globules blancs sanguins.
Des échantillons de selles, de salive et de sang seront prélevés chez des individus sains et chez des patients atteints de cancers, avant l’instauration de traitements anticancéreux, au cours, puis à la fin de la thérapie.  
Cette étude unique en France a pour but d’identifier des biomarqueurs pronostics et prédictifs qui permettront d’aider les cliniciens à orienter le traitement des patients atteints de cancer.